POP3协议允许电子邮件客户端下载服务器上的邮件，但是在客户端的操作（如移动邮件、标记已读等），不会反馈到服务器上，比如通过客户端收取了邮箱中的3封邮件并移动到其他文件夹，邮箱服务器上的这些邮件是没有同时被移动的。
而IMAP协议提供webmail与电子邮件客户端之间的双向通信，客户端的操作都会反馈到服务器上，对邮件进行的操作，服务器上的邮件也会做相应的动作。
同时，IMAP协议像POP3那样提供了方便的邮件下载服务，让用户能进行离线阅读。IMAP协议提供的摘要浏览功能可以让你在阅读完所有的邮件到达时间、主题、发件人、大小等信息后才作出是否下载的决定。
此外，IMAP协议更好地支持了从多个不同设备中随时访问新邮件。
总之，IMAP协议整体上为用户带来更为便捷和可靠的体验。POP3更易丢失邮件或多次下载相同的邮件，但IMAP协议通过邮件客户端与webmail之间的双向同步功能很好地避免了这些问题。
注：若在web邮箱中设置了“保存到已发送”，使用客户端POP服务发信时，已发邮件也会自动同步到网页端“已发送”文件夹内。