很多对网络应用不了解的新手，往往无法区分分类目录和搜索引擎，其实二者虽然有一定的相似度，但是也有很大的区别。分类目录和搜索引擎都是用户查找网站信息的工具，区别在于查找信息的方式不同。分类目录是把同一主题网站信息放在一起并按一定顺序排列，通过主题目录层层找到的。如搜狗的分类目录。另外，分类目录拥有可供浏览的树状结构，并可按主题层层点击下去。例如，用户想找有关游戏“魔兽世界”的信息，可以通过分类目录“娱乐休闲>游戏>网络游戏>多人在线游戏>魔兽借界”桂到有美魔兽份界的名餐网站信点。
这两种查找方式的结果存在差别:通过目录查找得到的网站信息都是经过编辑审核确认后推荐给大家的，信息量小但很精:通过搜索引擎得到的结果是互联网上所有与“魔兽世界”相关的网站信息，信息量大但相关性可能较差。目前在全球范围内，搜索引擎优化者看重的分类目录有国外的dmox,国内的haol23.265等。
相对于百科的外部链接建设和推广来说，分类目录的外部链接建设难度更高一些，但是效果却更好一些。百科的优点在于每个用户都可以编辑，缺点就是每个用户都可能删除内容、删除链接，所以百科是需要长期维护的。分类目录和百科相比，区别很大:分类目录不是每个人都可以编辑的，它基本都是人工审核，要在知名的分类目录上出现针对网站的外部链接很不容易，但是出现在知名分类目录上的站点一般都不会消失，除非网站停办或者彻底转型，而且出现在分类目录上的网址，不但能为目标网站带去远高于百科的外部链接权重，而且还可以带去远高于百科的流量。