网站的目录是指你建立网站时创建的目录。例如：在用frontpage建立网站时都默认建立了根目录和images子目录。
目录的结构是一个容易忽略的问题，大多数管理员都是未经规划随意创建子目录。目录结构的好坏，对浏览者来说并没有什么太大的感觉，但是对于站点本身的上传维护，内容未来的扩充和移植有着重要的影响。下面是建立目录结构的一些建议。
1，不要将所有文件都存放在根目录下。
有的网友为了方便，将所有文件都放在根目录下。这样做容易造成文件管理混乱。你常常搞不清哪些文件需要编辑和更新，哪些无用的文件可以删除，哪些是相关联的文件，影响工作效率。另外也影响上传速度。服务器一般都会为根目录建立一个文件索引。当您将所有文件都放在根目录下，那么即使你只上传更新一个文件，服务器也需要将所有文件再检索一遍，建立新的索引文件。很明显，文件量越大，等待的时间也将越长。所以，给您的建议是：尽可能减少根目录的文件存放数。
2，按栏目内容建立子目录
子目录的建立，首先按主菜单栏目建立。例如网页教程类站点可以根据技术类别分别。
建立相应的目录，像Flash、Dhtml、Javascript等；企业站点可以按公司简介，产品介绍，价格，在线定单，反馈联系等建立相应目录。其他的次要栏目，类似what＇snew，友情连接内容较多，需要经常更新的可以建立独立的子目录。而一些相关性强，不需要经常更新的栏目，例如：关于本站，关于站长，站点经历等可以合并放在一个统一目录下。所有程序一般都存放在特定目录，例如：CGI程序放在cgi-bin目录。便于维护管理。所有需要下载的内容也最好放在一个目录下。
3，在每个主目录下建立独立的images目录
通常一个站点根目录下都有一个images目录。刚开始学习主页制作时，阿捷习惯将所有图片都存放在这个目录里。可是后来发现很不方便，当我需要将某个主栏目打包供网友下载，或者将某个栏目删除时，图片的管理相当麻烦。经过实践发现：为每个主栏目建立一个独立的images目录是最方便管理的。而根目录下的images目录只是用来放首页和一些次要栏目的图片。
4， 目录的层次不要太深，建议不要超过3层。
原因很简单，维护管理方便。其它需要注意的还有：1.不要使用中文目录；网络无国界，使用中文目录可能对网址的正确显示造成困难。2.不要使用过长的目录；尽管服务器支持长文件名，但是太长的目录名不便于记忆。3.尽量使用意义明确的目录；上面的例子中，你可以用DhtmlJavascript来建立目录，也可以用1，2，3建立目录，但是哪一个更明确，更便于记忆和管理呢显然是前者。
随着网页技术的不断发展，利用数据库或者其他后台程序自动生成网页越来越普遍，网站的目录结构也必将飞跃到一个新的结构层次。
反正建站之前得设计网站目录结构。
首先建三个protal,css,upload目录，然后再在这三个目录下再分模块建目录，HTML放protal，css就放css下面的目录，upload是上传文件的，怎么分目录就是你自己考虑。其次secdir根本就不需要。建一个static文件，专门放img,css,js这样的资源，再建一个view,放html,最后建一个models,专门放数据模型，这就是典型的MVC模式。大公司都是用的js管理，然后打包，就是前端集成解决方案。
另外网站的链接结构也是需要注意的；网站的链接结构是指页面之间相互链接的拓扑结构。它建立在目录结构基础之上，而且可以跨越目录。
建立网站的链接结构有两种基本方式：
1，树状链接结构。这种结构类似DOS的目录结构。首页链接指向一级页面，一级页面链接指向二级页面。浏览这样的链接结构时，用户可以一级级进入，一级级退出。这种结构的优点是条理清晰，访问者可以明确地知道自己在什么位置，不会“迷路”。它的缺点是浏览效率低。用户从一个栏目下的子页面到另一个栏目下的子页面，必须绕经首页。
2，星状链接结构。这种结构类似网络服务器的链接，且结构中的每个页面相互之间都建立了链接。这种链接结构的优点是浏览方便，访问者随时可以到达自己想要的页面。缺点是链接太多，容易使浏览者迷路，搞不清自己在什么位置，看了多少内容。