与一般的Web网站相比，电子商务网站的基本结构有较大的区别。普通的Web网站主要显示事先编辑好的HTML网页或XML网页，数据量较小;电子商务网站以商务数据处理为主，数据类型复杂、数据流人量大、数据交换频繁，因此数据库的运行效率直接影响整个电子商务系统的效率，数据的安全性直接影响着系统的正常运行。所以，运行效率和数据安全等是影响电子商务网站构架的重要因素。
1.运行效率：电子商务网站的系统资源主要集中于数据处理，其次是服务与管理，最后是文本浏览。网站建设时应该将设备、开发、软件投人的$0%以上用于提高系统效率。设计数据库时还应考虑并发数据处理的效率问题，因为不同的数据库本身的并发处理能力有一定的区别。设计数据库结构时要考虑如何对数据和操作做好分类工作，并进行必要的负载测试，以找出并发处理效率最高的方案。
2.数据安全：电子商务网站的数据大部分是来自于用户的，因此数据安全极其重要。一般来说，通过防火墙、数据库安全机制、数据备份机制等可以有效地保证数据安全。
3.开发效率：电子商务是正在发展的新的贸易形式，随时处于动态变化之中。因此，电子商务网站要适应变化的需求，其客户来源、功能设置、管理模块、维护程序等可能长期处于调整和修改状态，只有不断地提高开发效率，才能使系统达到满意的调整速度。
4.投人资金：电子商务网站的技术技术平台需要不断扩充与强化，资金的投人要永远领先于访问量、数据量的增长。