电子商务网站的文件管理是指对构成网站资源的文件应用层进行文件管理，包括文件的组织管理、支持企业与数据信息往来的文件传输管理、电子邮件管理、网站数据备份、网站数据恢复、网站垃圾文件处理等。
网站文件组织管理的关键是Web网站的目录结构。目录结构设置的好与坏，对浏览器来说并没有什么太大的感觉，但是对于站点本身的上传维护、内容的扩充和移植有着重要的影响。确保拥有正确的布局和结构，会使网站的管理更新更高效。在电子商务网站的管理中，一个有序高效的文件管理将带给管理员尤其是非专业的管理员工作上的便利，例如可以快速地找到页面最后一次被修改的时间。
文件及文件处理贯穿于企业电子商务网站的建设、运行和业务往来的各个环节，文件的类别和具体使用目的各不相同。从企业电子商务网站的期来看，所涉及的文件主要分为两大类：一类面向网站建设和开发，包括提供网站内容和信息发布的各种网页及相关文件；另一类面向企业开展电子商务业务，包括企业与业务往来而产生的各种业务相关文件。这两类文件的应用方向和使用目的互不相同，因此采用的技术、工具以及处理方式也不相同。在网站开发期间，开发人员需设计好各个网页文件和网站资源文件，经开发工作站调试无误后，利用FTP传到Web服务器上。网页文件是代码文件，而网站资源文件主要是指为丰富网站内容，提供网页素材的各种文件，如声音文件、图像文件、视频文件和动画文件等。